Sejak berdiri hingga sekarang, WI membangun banyak jaringan, individu dan lembaga, yang tersebar di tingkat lokal, nasional, dan internasional. Sejumlah individu merupakan tokoh agama lokal dan pesantren yang memiliki pikiran terbuka. Sementera lembaga yang menjadi jaringan lokal di antaranya Studi Islam dan Sosial (LSiS), Lebak; Institute for Culture and Religion Studies (Incres) Bandung; Lembaga Studi Sosial dan Agama (ELSA) Semarang; Center for Marginalized Communities Studies (CMARs) Surabaya; Fahmina Institute, Cirebon; Yayasan Lapar Makasar; Lembaga Kajian Hukum Islam (LKHI) Palembang; Lembaga Studi Kemanusiaan (Lensa) Nusa Tenggara Barat.