Program ini bertujuan untuk memonitor isu-isu toleransi beragama, pembatasan hak-hak beragama oleh pemerintah, penyebaran permusuhan bermotif agama, dan konflik berdasarkan agama. Hasil program ini didokumentasikan dalam sejumlah terbitan dan laporan the Wahid Institute seperti laporan bulanan, buletin triwulanan, dan laporan tahunan yang menggambarkan  situasi kontemporer kehidupan keagamaan di Indonesia.

The Wahid Institute mengembangkan perangkat lunak pemantauan kasus-kasus keagamaan di Tanah Air http://report.wahidinstitute.org/

Perangkat ini digunakan jaringan pemantau WI di daerah secara online untuk mencatat dan melaporkan berbagai kasus pelanggaran jaminan beragama di Indonesia.